Από τον Απρίλιο έως το Δεκέμβριο του 1825 διήρκεσε η πρώτη φάση της πολιορκίας, και στο διάστημα αυτό τα στρατεύματα του Κιουταχή, με 30.000 Τούρκους, έφτασαν σε απόσταση μερικών δεκάδων μέτρων από το τείχος του Μεσολογγίου και στρατοπέδευσαν μπροστά του.
Μετά τις άκαρπες προσπάθειες διαπραγματεύσεων του Κιουταχή με τους πολιορκημένους, για παράδοση της πόλης, το Μεσολόγγι αποκλείστηκε δια θαλάσσης από τον στόλο του Μεχμέτ Χιουρέφ πασά και του Γιουσούφ πασά, με αποτέλεσμα τον αποκλεισμό του ανεφοδιασμού της πόλης.
Στα τέλη του 1825 έσπευσε στο εχθρικό στρατόπεδο ο Ιμπραήμ, προς ενίσχυση του Κιουταχή, έχοντας πολυάριθμες στρατιωτικές δυνάμεις, με περισσότερους από 15.000 Αιγυπτίους. Η δεύτερη φάση της δεύτερης Πολιορκίας είναι γεγονός.
Στις 15 Φεβρουαρίου 1826 οι πολιορκητές πραγματοποίησαν δύο εφόδους, οι οποίες ήταν ανεπιτυχείς, προκάλεσαν, ωστόσο, σοβαρές απώλειες τόσο στους ίδιους όσο και στους πολιορκημένους. Οι Μεσολογγίτες βρίσκονται αντιμέτωποι με αρρώστιες και δυσβάστακτες στερήσεις σε φαγητό και πολεμοφόδια, μη βλέποντας άλλη λύση από την Έξοδο.
Η Έξοδος ορίστηκε για τη νύχτα της 10ης Απριλίου προς την 11η Απριλίου, ξημερώνοντας Κυριακή των Βαΐων. Σύμφωνα με το σχέδιο, τη νύχτα της 10ης Απριλίου, χωρίστηκαν σε τρία σώματα, υπό τους Δημήτριο Μακρή, Νότη Μπότσαρη και Κίτσο Τζαβέλα, ώστε να αιφνιδιάσουν και να διασπάσουν τις τους Τουρκοαιγύπτιους πολιορκητές. Η ηρωική Έξοδος των Μεσολογγιτών ξεκινά στις δύο τα ξημερώματα με επικεφαλής τον Αθανάσιο Ραζή-Κότσικα.
Το σχέδιο της Εξόδου, ωστόσο, προδόθηκε με αποτέλεσμα τα εχθρικά στρατεύματα να είναι προετοιμασμένα και να επακολουθήσει ένας άνισος αγώνας μεταξύ αυτών και των Ελεύθερων Πολιορκημένων, με καταστροφικές τις συνέπειες για τους δεύτερους.Μερικοί υποχώρησαν, ενώ άλλοι συνέχισαν να μάχονται με περίσσιο ζήλο και ηρωισμό, κατορθώνοντας να διασπάσουν τον κλοιό του εχθρού και να διαφύγουν στις πλαγιές του Ζυγού. Όσοι έμειναν πίσω αναγκάστηκαν να αγωνιστούν ή επέλεξαν να αυτοπυρποληθούν από το να πέσουν στα χέρια του εχθρού.
Ο Εθνικός μας Ποιητής ανέβαινε καθημερινά στον Λόφο του Στράνη στη Ζάκυνθο και παρατηρούσε από μακριά τους κανονιοβολισμούς από το Μεσολόγγι. Σε αυτό αφιέρωσε μάλιστα 35 στροφές του Ύμνου.
Η ΜΑΧΗ ΤΗΣ ΚΛΕΙΣΟΒΑΣ
Η επική μάχη της Κλείσοβας, που έλαβε χώρα λίγο πριν τη μεγαλειώδη Έξοδο της 10ης Απριλίου του 1826, αποτελεί μια άνευ προηγουμένου επονείδιστη μάχη, που δυστυχώς δεν έτυχε της ανάλογης αναγνώρισης και προβολής, αφού βρέθηκε στη σκιά της Ηρωικής Εξόδου των ελεύθερων πολιορκημένων.
Ο Σουλτάνος, εκνευρισμένος μετά την ανεπιτυχή προσπάθεια του στρατού του Κιουταχή να εκπορθήσει την πόλη του Μεσολογγίου, αποφάσισε να στείλει τον Δεκέμβριο του 1825 και τον Ιμπραήμ πασά της Αιγύπτου, για να βοηθήσει στην προσπάθεια κυρίευσης των Ελλήνων. Κιουταχής και Ιμπραήμ θέτουν πλέον από κοινού σε εφαρμογή το σχέδιο κατάληψης της Κλείσοβας, της μικρής νησίδας που βρισκόταν στη λιμνοθάλασσα και που αποτελούσε πηγή ανεφοδιασμού της πόλης, ώστε να καταστεί εν συνεχεία ευκολότερη η κατάκτηση του Μεσολογγίου. Ο Κιουταχής, αποφάσισε να αιφνιδιάσει την Κλείσοβα, προκειμένου να την κατακτήσει με μεγαλύτερη ευκολία, προσποιούμενος ότι θα επιτεθεί στο Μεσολόγγι. Με 3.000 άνδρες έναντι 131 αγωνιστών της Κλείσοβας, ο Κιουταχής άλλαξε πορεία και πραγματοποίησε έξι ανεπιτυχείς επιθέσεις εναντίον της Κλείσοβας, που τον ανάγκασαν εν τέλει να υποχωρήσει. Μετά την αποτυχία των Τούρκων να καταλάβουν τη νησίδα, ανέλαβε δράση ο Ιμπραήμ, επιτιθέμενος με 3.000 Αιγύπτιους και σημειώνοντας επίσης έξι ανεπιτυχείς επιθέσεις κατά των Ελλήνων, οι οποίοι αντεπιτέθηκαν σθεναρά με συνεχές πυρ εναντίον του εχθρού.
Αξίζει να σημειωθεί ότι, κατά τη διάρκεια αυτής της διαμάχης οι απώλειες των Τούρκων και των Αιγυπτίων ανήλθαν σε 2.500 περίπου νεκρούς, ενώ μόλις 50 από τους 131 Έλληνες αγωνιστές έπεσαν νεκροί. Οι υπερασπιστές της Κλείσοβας αν και μειονεκτούσαν αριθμητικά, κατάφεραν να αποκρούσουν όλες τις επιθέσεις και τελικά να νικήσουν τους χιλιάδες Τούρκους και Αιγύπτιους, που με αλλεπάλληλες εφόδους προσπαθούσαν να καταλάβουν τη νησίδα.
Μια μάχη που κερδήθηκε ηρωικά και θεωρείται μία από τις σπουδαιότερες και θρυλικότερες της παγκόσμιας στρατιωτικής ιστορίας, η οποία δεν μπόρεσε όμως να αλλάξει την τύχη του Μεσολογγίου, αφού λίγες ημέρες αργότερα οι Ελεύθεροι Πολιορκημένοι αναγκάστηκαν να πραγματοποιήσουν την Ηρωική Έξοδο.